自贸试验区是大连海关推进制度创新的核心区。自2014年上海自贸区成立以来，大连海关已陆续复制推广“批次进出、集中申报”“区内自行运输”“保税展示交易”等20项自贸区海关创新监管制度，并率先在全国海关开展铁矿石期货保税交割业务。2016年，辽宁自贸试验区获批后，大连海关第一时间成立了自贸试验区建设领导小组和专项工作组，围绕监管制度创新的中心任务迅速开展工作，研究提出了25项支持和促进自贸区建设发展的措施，并结合辽宁自贸试验区的实际，提出了支持高端装备制造业发展等8项个性化支持措施，走出了一条基于老工业基地的创新发展新路。

以生产生活用品的大连爱丽思公司为例，仅“特殊区域内自行运输”一项措施，该公司一年可节约运输成本约25万元，每次运输至少省时四分之一。此项改革推行后，大连保税区、出口加工区、保税港区之间流转的保税货物实施“分送集报、自行运输”，允许区内企业自行使用车辆运输，无须施加关封、进行GPS定位，海关则通过信息化系统进行后台监管，大幅降低企业的通关时间和成本。

“归类尊重先例”改革是辽宁自贸试验区建设的重要改革项目之一，也是海关总署在大连率先启动的改革试点项目。该项改革主要是指企业以前在全国任何口岸曾经进出口的商品，今后在大连口岸办理通关手续时，海关将不再审核其商品归类，而是直接认可先前的结果。11月1日上午，一汽（大连）通商有限公司向大连海关申报进口的一批汽车零部件顺利通关。这次通关中的海关归类环节只有4个流程、20分钟，大大节省了时间，这批汽车零部件也成为了大连海关“归类尊重先例”改革启动后进行通关并放行的首票货物。这项制度的实施不仅可以大幅精简海关审核程序，提高通关效率，更重要的在于它是海关执法理念和基本原则的一次重大创新，对规范自由裁量权，推动海关执法统一，营造公开、透明、可预期的外贸营商环境具有深远的意义。

一站式通关体系建设也是大连海关推进制度创新的重点项目，2016年5月11日，随着大连海关“一站式”通关服务中心（金普新区）全面启动，标志着覆盖大连关区、辐射东北地区的“一站式”通关服务体系正式建立，企业在审批和通关业务享受到了“一条龙”办结和“一体化”覆盖的叠加服务。新成立的金普新区“一站式”通关服务中心办事大厅设有一个特别窗口——行政审批“一个窗口”，该窗口将海关12项审批事项进行集中受理，发挥“互联网+政务服务”的作用，形成“一窗口受理、一平台共享、一站式服务”的通关服务中心体系。“企业不仅可以根据需要，享受‘选择报关’、‘就近报关’、‘一个窗口’受理等便利，还可以‘一条龙’办理涉及东北地区其他海关的业务，通关成本的降低和效率的提高是显而易见的。”辽宁竟大国际物流有限公司副总经理孙继冰说。据统计，2016年全年大连海关通过一体化平台接受申报报关单231.8万票。

大连海关还积极主动推进口岸部门共同落实“三互”，与检验检疫部门在部分商品监管互认、“单一窗口”信息共享方面推进合作，持续深化关检合作“三个一”改革。与税务部门在防范及打击出口骗退税和走私、联合激励惩戒方面开展协作。加快“单一窗口”建设，建立信息化口岸协同监管模式。在此基础上，积极推动东北地区“六关四检”签署了共同落实“三互”行动推进大通关建设行动计划，推进“三互”成果向东北全域延伸。

助力大连和营口建设多式联运监管中心，协助地方政府完善建设方案并推进实施。促进跨境电商新业态发展，助推东北首个跨境电商综合试验区落户大连，开展跨境电商保税备货模式运行试点，制定完善海关监管模式和管理制度。创新国际服务外包保税监管模式，引导企业向产业高端延伸。推动特殊区域优化整合及信息化系统建设，开展单耗自核试点。推进丹东地区出境加工和鞍山西柳市场采购贸易试点。完成对盘锦港保税物流中心（B型）验收。继续清理和规范进出口环节经营服务性收费，推进免除查验没有问题企业相关费用试点。推动安智贸项目，年度业务总量位居全国第一。